Kankuro est né à Suna, village caché du pays du vent, fils du Kazekage. Il a une sœur plus vieille, Temari et un frère plus jeune, Gaara. Durant son enfance, il a fait parti de l'équipe des marionnettistes de Suna, groupe dans lequel il a apprit les techniques kugutsu avec sa première marionnette, Karasu. Il quitta le groupe pour faire parti de celle de Baki pour aller à l'examen chuunin avec Temari et Gaara qui était en fait un prétexte pour attaquer le pays avec leur nouvel allié de Oto. Kankuro détestait son frère pour ce qu'il était et pouvait devenir et espérait presque qu'il meurt de cette mission. L'équipe n'eut aucune difficulté à passer la première épreuve de l'examen, ni la deuxième dans laquelle lui et sa sœur réalisèrent à quel point Gaara pouvait être sans pitié. Ils arrivèrent même au point central de la forêt en un temps record. Lors de la troisième partie de l'examen, Kankuro battit avec aisance son adversaire en match préliminaire. Il devait confronter Shino dans le tournois. Les ordres de l'attaque étaient que le signal était le combat de Gaara et lorsque Kankuro vit que ce combat allait être reporté, il pensa qu'il serait préférable de ne pas combattre pour ne pas dévoiler les secrets de sa marionnette, la raison pour laquelle il déclara forfait. Lorsque le signal fut finalement donné, Temari et Kankuro emmenèrent Gaara blessé dans la forêt pour qu'il puisse se transformer mais Shino et Sasuke les poursuivirent et Kankuro fut contraint de s'arrêter pour se battre contre l'adversaire contre lequel il devait se battre plus tôt, Aburame Shino. Les deux ninjas s'échangèrent plusieurs coups, Kankuro dévoilant plusieurs techniques secrètes de Karasu dont les bras détachables à lames empoisonnées et Shino démontrant son pouvoir terrifiant de contrôle des insectes. Alors que Kankuro réussit à empoisonner son adversaire, Shino réussit à remonter les lignes de chakra liant Kankuro à Karasu et les insectes vidèrent le ninja de Suna de son chakra. Les deux ninjas tombèrent, vaincus. Au même moment, Gaara perdait son combat contre Uzumaki Naruto et Temari retrouva les corps blessés de ses deux frères pour finalement s'enfuir tous les trois. Kankuro et Temari furent surpris d'entendre les excuses de Gaara pour sa conduite. Suna admit sa défaite et se rétracta aux clauses de Konoha pour s'allier.Lorsque Uchiwa Sasuke déserta le village avec des ninjas de Oto, de l'aide fut demandé au Kazekage, Gaara qui avait prit la place de leur père suite à sa assassinat par leur ancien allié de Oto. Gaara, kankuro et Temari partirent aider leur allié dans la forêt, aux prises avec les ennemis du son. Kankuro sauva la vie de Kiba qui était aux prises avec Sakon et Ukon. Le ninja de Suna n'eut aucune difficulté à battre le monstre avec ses nouvelles marionnettes et surtout, une nouvelle technique, Kurohigi Kiki Ippatsu, une technique permettant d'emprisonner son adversaire pour le transpercer de toute part. Malgré le fait que les trois alliés du vent étaient venus en aide aux ninjas de Konoha, la mission de ramener Sasuke fut un échec. L'équipe de Gaara aidèrent leurs alliés à ramener les ninjas blessés au combat à Konoha et repartirent.
Durant les quelques années qui s'ensuivirent, Kankuro passa les examens Chuunin et accéda rapidement au rang de Juunin. Il a remarqué des changements chez Gaara et les deux frères sont devenus plus proches, parlant de ses plans futures et de leurs ambitions. Kankuro savait que cette rencontre avec Uzumaki Naruto lui avait apporté du bon et que Gaara a su apprendre respecter la vie. Kankuro lui en sera à jamais reconnaissant. Durant ces années, Kankuro ajouta une marionnette à son arsenal, Sanshouuo, une marionnette d'une extrême résistance. Avec cet ajout dans son arsenal, Kankuro adopta une technique d'invocations pour ranger ses marionnettes dans trois parchemins différents. Lorsque Gaara fut kidnappé par Deidara, Kankuro n'hésita pas pour partir à la poursuite des assaillants et dû se battre contre le partenaire de Deidara, Sasori. Ce dernier s'avéra être le confectionneur des marionnettes dont fait usage Kankuro et n'eut aucun mal à les mettre en pièce et à empoisonner le Juunin de Suna qui tomba sans connaissance. C'est grâce à Sakura si Kankuro a pu s'en sortir et partir avec Temari au repère de l'Akatsuki où ils arrivèrent au même moment où Naruto en sortit avec Gaara, inerte. Chiyo donna sa vie au jeune Kazekage et Kankuro remercia Naruto d'avoir sauvé son frère, de quoi lui en être encore plus reconnaissant...
